Uważa się, że nietolerancje pokarmowe mogą być spowodowane złą jakością bakterii w jelitach. Może to prowadzić do trudności w trawieniu pokarmów wyzwalających i nieprzyjemnych objawów, takich jak wzdęcia, gazy, biegunka, ból brzucha i nudności. Istnieją dowody na to, że alergie pokarmowe mogą być również związane ze zdrowiem jelit.